Préchauffez votre four à 180°C (thermostat 6). Détaillez le chou-fleur en petites fleurettes de taille égale.
Plongez les fleurettes dans une casserole d'eau bouillante légèrement salée pendant 5 minutes seulement. Elles doivent rester légèrement croquantes. Égouttez-les soigneusement et laissez-les refroidir.
Dans une poêle antiadhésive, faites revenir l'oignon émincé à feu moyen-doux sans ajout de matière grasse. Quand il devient translucide (environ 3-4 minutes), ajoutez l'ail écrasé et poursuivez la cuisson 1 minute.
Ajoutez le jambon coupé en dés et faites légèrement dorer l'ensemble. Réservez hors du feu et laissez tiédir.
Dans un saladier, fouettez les œufs en omelette. Incorporez progressivement la farine en fouettant pour éviter les grumeaux.
Versez le lait petit à petit tout en continuant de fouetter énergiquement. Ajoutez 60g du fromage râpé (gardez le reste pour le dessus), la ciboulette ciselée, la muscade, le sel et le poivre.
Huilez légèrement un moule à gratin d'environ 24-26 cm de diamètre. Disposez les fleurettes de chou-fleur et le mélange oignon-jambon de façon homogène.
Versez délicatement l'appareil à clafoutis sur l'ensemble. Parsemez du reste du fromage râpé sur le dessus.
Enfournez pour 35 minutes environ, jusqu'à ce que le dessus soit doré et que la lame d'un couteau plantée au centre en ressorte propre.
Pour une croûte parfaitement dorée, vous pouvez activer le grill pendant les 2 dernières minutes de cuisson tout en surveillant attentivement.
Laissez reposer votre clafoutis au moins 5 minutes avant de servir pour qu'il se raffermisse légèrement.