Lavez soigneusement tous vos légumes sous eau claire. Séchez-les délicatement avec un linge propre. Coupez la courgette et l'aubergine en demi-rondelles d'environ 5 mm d'épaisseur.
Détaillez le poivron en lanières régulières après avoir retiré les graines et les membranes blanches. Coupez les tomates cerises en deux. Émincez finement les oignons nouveaux et hachez l'ail.
Dans une grande poêle, faites chauffer le beurre et une cuillère d'huile d'olive à feu moyen-vif. Ajoutez les oignons et l'ail, faites-les suer pendant 2 minutes jusqu'à ce qu'ils deviennent translucides.
Incorporez l'aubergine et la courgette, poursuivez la cuisson pendant 5 minutes en remuant délicatement. Ajoutez le poivron et continuez encore 3 minutes. Les légumes doivent rester fermes.
Dans un grand bol, fouettez vigoureusement les œufs entiers jusqu'à ce qu'ils deviennent mousseux. Incorporez progressivement le lait et la crème fraîche tout en continuant à fouetter.
Ajoutez la farine tamisée en pluie, en fouettant constamment pour éviter les grumeaux. Incorporez le parmesan râpé, le sel, le poivre fraîchement moulu et une pincée de noix de muscade.
Préchauffez votre four à 180°C (thermostat 6), chaleur tournante de préférence pour une cuisson homogène.
Huilez légèrement un plat à gratin d'environ 28 cm de diamètre. Disposez harmonieusement les légumes précuits dans le fond du plat. Parsemez de tomates cerises coupées en deux, face coupée vers le haut.
Versez délicatement l'appareil à clafoutis sur les légumes. Saupoudrez d'herbes fraîches ciselées et d'un filet d'huile d'olive.
Enfournez pour 40 minutes, jusqu'à ce que le dessus soit joliment doré et que le centre soit à peine tremblotant. À mi-cuisson, tournez le plat pour assurer une coloration uniforme.
Laissez reposer 5 minutes avant de servir tiède, accompagné d'une salade verte.