Préchauffez votre four à 180°C (thermostat 6).
Lavez soigneusement tous vos légumes. Tranchez la courgette en rondelles d'environ 3mm d'épaisseur. Coupez le poivron en lamelles régulières et divisez les tomates cerises en deux. Émincez finement l'oignon rouge.
Saupoudrez légèrement la courgette de sel et laissez-la dégorger 10 minutes avant de l'éponger.
Dans un grand bol, battez vigoureusement les œufs jusqu'à ce qu'ils blanchissent légèrement.
Ajoutez progressivement la farine en pluie tout en continuant à fouetter pour éviter les grumeaux.
Versez ensuite le lait petit à petit, toujours en fouettant, jusqu'à obtenir une pâte lisse et homogène.
Assaisonnez avec le sel, le poivre et le thym séché.
Huilez généreusement un plat à gratin d'environ 26cm de diamètre.
Répartissez uniformément les légumes préparés dans le fond du plat, en créant un joli dégradé de couleurs.
Parsemez l'ensemble de fromage de chèvre émietté et de basilic ciselé, en réservant quelques feuilles pour la décoration finale.
Versez délicatement l'appareil à clafoutis sur les légumes, en veillant à ce qu'il s'infiltre bien entre eux.
Enfournez à mi-hauteur pendant 35 minutes environ, jusqu'à ce que le dessus soit doré et que le centre soit juste pris mais encore légèrement tremblotant.
Laissez reposer 5 minutes avant de servir, garni de quelques feuilles de basilic frais.