Préchauffez votre four à 180°C (thermostat 6).
Lavez soigneusement les courgettes sous l'eau froide. Coupez-les en deux dans le sens de la longueur.
À l'aide d'une cuillère à soupe, évidez délicatement la chair en laissant environ 0,5 cm sur les bords pour maintenir la structure. Réservez la chair pour l'incorporer à la farce.
Dans une poêle, faites chauffer 2 cuillères à soupe d'huile d'olive à feu moyen. Ajoutez l'oignon rouge et l'ail émincés, faites-les revenir jusqu'à ce qu'ils deviennent translucides (environ 3-4 minutes).
Hachez la chair de courgette et pressez-la légèrement dans un linge propre pour éliminer l'excès d'eau. Ajoutez-la à la poêle et poursuivez la cuisson pendant 5 minutes supplémentaires.
Dans un saladier, émiettez le fromage de chèvre. Ajoutez le mélange d'oignon et de courgette refroidi, les pignons de pin grillés, le zeste de citron, le miel, le thym et la moitié du basilic ciselé. Salez et poivrez généreusement.
Mélangez délicatement à la fourchette pour préserver les textures diverses. Laissez reposer ce mélange 5 minutes avant de garnir les courgettes.
Disposez les demi-courgettes évidées dans un plat allant au four préalablement huilé. Répartissez généreusement la farce au fromage dans chaque cavité.
Dans un petit bol, mélangez la chapelure avec la cuillère d'huile d'olive restante et parsemez sur le dessus de chaque courgette.
Enfournez pour 25-30 minutes jusqu'à ce que les courgettes soient tendres et que la chapelure soit croustillante et dorée.
Servez chaud, garni du reste de basilic frais ciselé.