Commencez par laver soigneusement tous vos légumes sous l'eau courante. Épluchez si nécessaire les carottes, ôtez les extrémités des courgettes, et retirez les graines et membranes des poivrons. Coupez tous les légumes en petits dés de taille régulière (environ 5mm) pour garantir une cuisson homogène.
Dans une poêle antiadhésive, faites chauffer l'huile d'olive à feu moyen. Ajoutez l'oignon émincé et faites-le suer pendant 3 minutes jusqu'à ce qu'il devienne translucide. Incorporez l'ail et laissez dégager ses arômes pendant 30 secondes sans le faire brunir.
Ajoutez ensuite tous les légumes coupés et faites-les revenir à feu moyen-vif pendant 7-8 minutes jusqu'à ce qu'ils soient tendres mais encore légèrement croquants. Ne salez les légumes qu'à la fin de la cuisson pour éviter qu'ils ne rendent trop d'eau.
Dans un saladier, fouettez énergiquement les œufs jusqu'à ce qu'ils deviennent mousseux. Versez progressivement le lait et la crème tout en continuant de fouetter. Ajoutez les herbes ciselées, la noix de muscade, le sel et le poivre. L'appareil doit être homogène et légèrement aérien.
Préchauffez votre four à 180°C (thermostat 6). Beurrez légèrement un moule à tarte ou un plat à gratin.
Répartissez les légumes refroidis dans le fond du plat. Saupoudrez la moitié du fromage râpé sur les légumes. Versez délicatement l'appareil à flan par-dessus, puis parsemez du reste de fromage.
Enfournez pour 35 minutes environ, jusqu'à ce que le flan soit légèrement doré sur le dessus et ferme au toucher, tout en restant tremblotant au centre.
Laissez reposer le flan 5 minutes hors du four avant de le découper. Ce temps de repos permet au flan de se stabiliser et facilite le service. Découpez en portions et servez tiède ou à température ambiante.