Lavez les courgettes, séchez-les et râpez-les finement. Déposez-les dans une passoire, saupoudrez d'une pincée de sel et laissez dégorger pendant 15 minutes.
Dans une poêle antiadhésive, faites chauffer l'huile d'olive à feu moyen. Ajoutez l'oignon émincé et l'ail écrasé, puis faites-les revenir pendant 3-4 minutes jusqu'à ce qu'ils deviennent translucides.
Pressez fermement les courgettes râpées pour extraire le maximum d'eau. Ajoutez-les dans la poêle avec les oignons et l'ail. Faites revenir l'ensemble pendant 5-7 minutes à feu moyen-vif en remuant régulièrement.
Dans un grand bol, fouettez les œufs jusqu'à ce qu'ils deviennent mousseux. Incorporez le fromage blanc et mélangez jusqu'à obtention d'une préparation homogène. Ajoutez la farine tamisée en pluie fine tout en continuant de fouetter. Assaisonnez avec sel, poivre et noix de muscade.
Préchauffez votre four à 180°C. Intégrez les courgettes refroidies à l'appareil, puis ajoutez le persil ciselé et 40g de gruyère râpé (gardez le reste pour le dessus). Versez la préparation dans un moule à tarte préalablement graissé et fariné. Parsemez du gruyère restant sur le dessus.
Enfournez votre flan pour 35 minutes à 180°C. Le flan sera parfaitement cuit lorsqu'il sera légèrement doré sur le dessus et que la pointe d'un couteau insérée au centre en ressortira propre. Laissez reposer 10 minutes avant de démouler.