Préchauffez votre four à 180°C (thermostat 6).
Lavez soigneusement les courgettes et les pommes de terre. Conservez la peau des courgettes mais épluchez les pommes de terre.
À l'aide d'une mandoline ou d'un couteau bien affûté, râpez finement les courgettes dans un saladier. Faites de même avec les pommes de terre.
Pressez délicatement les courgettes râpées entre vos mains ou dans un linge propre pour éliminer l'excès d'eau.
Dans un grand bol, cassez les œufs et fouettez-les légèrement. Ajoutez la crème fraîche et le lait, puis mélangez jusqu'à obtenir une préparation homogène.
Incorporez l'ail finement haché, le thym émietté, une pincée généreuse de sel, du poivre et la muscade.
Ajoutez 60g du comté râpé, en réservant le reste pour le dessus des flans.
Mélangez les courgettes et les pommes de terre râpées à l'appareil à flan.
Répartissez cette préparation dans 6 ramequins préalablement huilés ou des moules à muffins en silicone.
Parsemez chaque flan du reste de comté râpé.
Enfournez dans le four préchauffé pour 30 minutes. Les flans sont cuits lorsqu'ils sont légèrement dorés sur le dessus et qu'une lame de couteau insérée au centre ressort propre.
Pour une finition parfaite, passez les flans sous le gril du four pendant les 2 dernières minutes pour obtenir une belle coloration dorée.
Laissez reposer 5 minutes avant de démouler et servir.